Uniwersytet Pedagogiczny  im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie jest uczelnią publiczną. Uniwersytet działa w oparciu o przepisy ustawy z dnia 27 lipca 2005 roku Prawo o szkolnictwie wyższym (Tekst jedn.: Dz. U. 2012 r. poz. 572 z późn. zm.), a także Statutu  Uczelni uchwalonego przez senat Uniwersytetu w dniu 15 czerwca 2015 roku, obowiązującego od dnia 1 października 2015 roku. Zwierzchni nadzór nad Uniwersytetem Pedagogicznym im. Komisji Edukacji Narodowej w  Krakowie sprawuje Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego.